L'imposta ipotecaria è dovuta per ogni formalità di trascrizione, iscrizione, rinnovazione e annotazione presso i pubblici registri immobiliari. Ogni atto in cui si pattuisca la vendita, la donazione, il passaggio per successione di un immobile, la costituzione di diritti o l'iscrizione di ipoteche, pertanto, è soggetto ad imposta ipotecaria, posto che tale atto debba sempre essere annotato presso la conservatoria dei registri immobiliari.
Attualmente, l'aliquota dell'imposta ipotecaria è stabilita nella misura del 2% del valore dell'immobile, determinato in base alla rendita catastale, oppure nella misura fissa di € 168,00 quando l'imposta dipende da atti soggetti ad IVA (acquisto di un immobile dall'impresa costruttrice).
L'imposta proporzionale e quelle fisse sono commisurate all'imponibile determinato ai fini dell'imposta di registro, o dell'imposta sulle successioni e donazioni. Inoltre, se l'atto o la successione sono esenti dall'imposta di registro o successione, l'imposta è determinata secondo le disposizioni relative a quelle imposte. L'imposta dovuta sulle iscrizioni e rinnovazioni è determinata a sua volta sulla base dell'ammontare del capitale e degli accessori per cui l'ipoteca è iscritta o rinnovata. In tal modo, quindi, vi sono due categorie di prelievi tributari che si diversificano anche in relazione ai presupposti di applicazione: infatti, le prime sono riscosse dall'ufficio del registro e hanno il medesimo presupposto dell'imposta di registro o successione (formazione dell'atto o apertura della successione); le seconde, invece, vengono riscosse dal conservatore per l'esecuzione delle formalità ipotecarie.
Tuttavia, le recenti disposizioni di legge del cosiddetto "Decreto Istruzione" – in vigore dal 1° Gennaio 2014 – hanno modificato l'applicazione dell'imposta ipotecaria dovuta sui trasferimenti immobiliari, prevedendo soltanto un'imposta fissa nella seguente misura:
- € 50,00 in caso di trasferimento soggetto a imposta di registro;
- € 200,00 in caso di trasferimento soggetto a IVA.
I soggetti obbligati al pagamento sono coloro che richiedono la registrazione o le altre formalità: tipicamente gli acquirenti o i beneficiari del trasferimento (ad es., donatari o eredi). In particolare, il trasferimento di proprietà per donazione e successione è soggetto ad imposta ipotecaria fissa di € 168,00 (€ 50,00 dal 1° gennaio 2014) se almeno uno dei beneficiari dichiara di essere in possesso dei requisiti per ottenere le agevolazioni sulla prima casa.